04 scales axes legends

%23%20%2F%2F%2F%20script%0A%23%20requires-python%20%3D%20%22%3E%3D3.11%22%0A%23%20dependencies%20%3D%20%5B%0A%23%20%20%20%20%20%22altair%3D%3D6.0.0%22%2C%0A%23%20%20%20%20%20%22marimo%22%2C%0A%23%20%20%20%20%20%22pandas%3D%3D3.0.1%22%2C%0A%23%20%5D%0A%23%20%2F%2F%2F%0A%0Aimport%20marimo%0A%0A__generated_with%20%3D%20%220.21.1%22%0Aapp%20%3D%20marimo.App()%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20marimo%20as%20mo%0A%0A%20%20%20%20return%20(mo%2C)%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%20Scales%2C%20Axes%2C%20and%20Legends%0A%0A%20%20%20%20Visual%20encoding%20%26ndash%3B%20mapping%20data%20to%20visual%20variables%20such%20as%20position%2C%20size%2C%20shape%2C%20or%20color%20%26ndash%3B%20is%20the%20beating%20heart%20of%20data%20visualization.%20The%20workhorse%20that%20actually%20performs%20this%20mapping%20is%20the%20*scale*%3A%20a%20function%20that%20takes%20a%20data%20value%20as%20input%20(the%20scale%20*domain*)%20and%20returns%20a%20visual%20value%2C%20such%20as%20a%20pixel%20position%20or%20RGB%20color%2C%20as%20output%20(the%20scale%20*range*).%20%20Of%20course%2C%20a%20visualization%20is%20useless%20if%20no%20one%20can%20figure%20out%20what%20it%20conveys!%20In%20addition%20to%20graphical%20marks%2C%20a%20chart%20needs%20reference%20elements%2C%20or%20*guides*%2C%20that%20allow%20readers%20to%20decode%20the%20graphic.%20Guides%20such%20as%20*axes*%20(which%20visualize%20scales%20with%20spatial%20ranges)%20and%20*legends*%20(which%20visualize%20scales%20with%20color%2C%20size%2C%20or%20shape%20ranges)%2C%20are%20the%20unsung%20heroes%20of%20effective%20data%20visualization!%0A%0A%20%20%20%20In%20this%20notebook%2C%20we%20will%20explore%20the%20options%20Altair%20provides%20to%20support%20customized%20designs%20of%20scale%20mappings%2C%20axes%2C%20and%20legends%2C%20using%20a%20running%20example%20about%20the%20effectiveness%20of%20antibiotic%20drugs.%0A%0A%20%20%20%20_This%20notebook%20is%20part%20of%20the%20%5Bdata%20visualization%20curriculum%5D(https%3A%2F%2Fgithub.com%2Fuwdata%2Fvisualization-curriculum)._%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20pandas%20as%20pd%0A%20%20%20%20import%20altair%20as%20alt%0A%0A%20%20%20%20return%20alt%2C%20pd%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Antibiotics%20Data%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20After%20World%20War%20II%2C%20antibiotics%20were%20considered%20%22wonder%20drugs%22%2C%20as%20they%20were%20an%20easy%20remedy%20for%20what%20had%20been%20intractable%20ailments.%20To%20learn%20which%20drug%20worked%20most%20effectively%20for%20which%20bacterial%20infection%2C%20performance%20of%20the%20three%20most%20popular%20antibiotics%20on%2016%20bacteria%20were%20gathered.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20We%20will%20be%20using%20an%20antibiotics%20dataset%20from%20the%20%5Bvega-datasets%20collection%5D(https%3A%2F%2Fgithub.com%2Fvega%2Fvega-datasets).%20In%20the%20examples%20below%2C%20we%20will%20pass%20the%20URL%20directly%20to%20Altair%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20antibiotics%20%3D%20'https%3A%2F%2Fcdn.jsdelivr.net%2Fnpm%2Fvega-datasets%401%2Fdata%2Fburtin.json'%0A%20%20%20%20return%20(antibiotics%2C)%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20We%20can%20first%20load%20the%20data%20with%20Pandas%20to%20view%20the%20dataset%20in%20its%20entirety%20and%20get%20acquainted%20with%20the%20available%20fields%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(antibiotics%2C%20pd)%3A%0A%20%20%20%20pd.read_json(antibiotics)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20The%20numeric%20values%20in%20the%20table%20indicate%20the%20%5Bminimum%20inhibitory%20concentration%20(MIC)%5D(https%3A%2F%2Fen.wikipedia.org%2Fwiki%2FMinimum_inhibitory_concentration)%2C%20a%20measure%20of%20the%20effectiveness%20of%20the%20antibiotic%2C%20which%20represents%20the%20concentration%20of%20antibiotic%20(in%20micrograms%20per%20milliliter)%20required%20to%20prevent%20growth%20in%20vitro.%20The%20reaction%20of%20the%20bacteria%20to%20a%20procedure%20called%20%5BGram%20staining%5D(https%3A%2F%2Fen.wikipedia.org%2Fwiki%2FGram_stain)%20is%20described%20by%20the%20nominal%20field%20%60Gram_Staining%60.%20Bacteria%20that%20turn%20dark%20blue%20or%20violet%20are%20Gram-positive.%20Otherwise%2C%20they%20are%20Gram-negative.%0A%0A%20%20%20%20As%20we%20examine%20different%20visualizations%20of%20this%20dataset%2C%20ask%20yourself%3A%20What%20might%20we%20learn%20about%20the%20relative%20effectiveness%20of%20the%20antibiotics%3F%20What%20might%20we%20learn%20about%20the%20bacterial%20species%20based%20on%20their%20antibiotic%20response%3F%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Configuring%20Scales%20and%20Axes%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Plotting%20Antibiotic%20Resistance%3A%20Adjusting%20the%20Scale%20Type%0A%0A%20%20%20%20Let's%20start%20by%20looking%20at%20a%20simple%20dot%20plot%20of%20the%20MIC%20for%20Neomycin.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20antibiotics)%3A%0A%20%20%20%20alt.Chart(antibiotics).mark_circle().encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.X('Neomycin%3AQ')%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20_We%20can%20see%20that%20the%20MIC%20values%20span%20orders%20of%20magnitude%3A%20most%20points%20to%20cluster%20on%20the%20left%2C%20with%20a%20few%20large%20outliers%20to%20the%20right._%0A%0A%20%20%20%20By%20default%20Altair%20uses%20a%20%60linear%60%20mapping%20between%20the%20domain%20values%20(MIC)%20and%20the%20range%20values%20(pixels).%20To%20get%20a%20better%20overview%20of%20the%20data%2C%20we%20can%20apply%20a%20different%20scale%20transformation.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20To%20change%20the%20scale%20type%2C%20we'll%20set%20the%20%60scale%60%20attribute%2C%20using%20the%20%60alt.Scale%60%20method%20and%20%60type%60%20parameter.%0A%0A%20%20%20%20Here's%20the%20result%20of%20using%20a%20square%20root%20(%60sqrt%60)%20scale%20type.%20Distances%20in%20the%20pixel%20range%20now%20correspond%20to%20the%20square%20root%20of%20distances%20in%20the%20data%20domain.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20antibiotics)%3A%0A%20%20%20%20alt.Chart(antibiotics).mark_circle().encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.X('Neomycin%3AQ'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'sqrt'))%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20_The%20points%20on%20the%20left%20are%20now%20better%20differentiated%2C%20but%20we%20still%20see%20some%20heavy%20skew._%0A%0A%20%20%20%20Let's%20try%20using%20a%20%5Blogarithmic%20scale%5D(https%3A%2F%2Fen.wikipedia.org%2Fwiki%2FLogarithmic_scale)%20(%60log%60)%20instead%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20antibiotics)%3A%0A%20%20%20%20alt.Chart(antibiotics).mark_circle().encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.X('Neomycin%3AQ'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log'))%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20_Now%20the%20data%20is%20much%20more%20evenly%20distributed%20and%20we%20can%20see%20the%20very%20large%20differences%20in%20concentrations%20required%20for%20different%20bacteria._%0A%0A%20%20%20%20In%20a%20standard%20linear%20scale%2C%20a%20visual%20(pixel)%20distance%20of%2010%20units%20might%20correspond%20to%20an%20*addition*%20of%2010%20units%20in%20the%20data%20domain.%20A%20logarithmic%20transform%20maps%20between%20multiplication%20and%20addition%2C%20such%20that%20%60log(u)%20%2B%20log(v)%20%3D%20log(u*v)%60.%20As%20a%20result%2C%20in%20a%20logarithmic%20scale%2C%20a%20visual%20distance%20of%2010%20units%20instead%20corresponds%20to%20*multiplication*%20by%2010%20units%20in%20the%20data%20domain%2C%20assuming%20a%20base%2010%20logarithm.%20The%20%60log%60%20scale%20above%20defaults%20to%20using%20the%20logarithm%20base%2010%2C%20but%20we%20can%20adjust%20this%20by%20providing%20a%20%60base%60%20parameter%20to%20the%20scale.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Styling%20an%20Axis%0A%0A%20%20%20%20Lower%20dosages%20indicate%20higher%20effectiveness.%20However%2C%20some%20people%20may%20expect%20values%20that%20are%20%22better%22%20to%20be%20%22up%20and%20to%20the%20right%22%20within%20a%20chart.%20If%20we%20want%20to%20cater%20to%20this%20convention%2C%20we%20can%20reverse%20the%20axis%20to%20encode%20%22effectiveness%22%20as%20a%20reversed%20MIC%20scale.%0A%0A%20%20%20%20To%20do%20this%2C%20we%20can%20set%20the%20encoding%20%60sort%60%20property%20to%20%60'descending'%60%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20antibiotics)%3A%0A%20%20%20%20alt.Chart(antibiotics).mark_circle().encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.X('Neomycin%3AQ'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sort%3D'descending'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log'))%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20_Unfortunately%20the%20axis%20is%20starting%20to%20get%20a%20bit%20confusing%3A%20we're%20plotting%20data%20on%20a%20logarithmic%20scale%2C%20in%20the%20reverse%20direction%2C%20and%20without%20a%20clear%20indication%20of%20what%20our%20units%20are!_%0A%0A%20%20%20%20Let's%20add%20a%20more%20informative%20axis%20title%3A%20we'll%20use%20the%20%60title%60%20property%20of%20the%20encoding%20to%20provide%20the%20desired%20title%20text%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20antibiotics)%3A%0A%20%20%20%20alt.Chart(antibiotics).mark_circle().encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.X('Neomycin%3AQ'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sort%3D'descending'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Neomycin%20MIC%20(%CE%BCg%2Fml%2C%20reverse%20log%20scale)')%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20Much%20better!%0A%0A%20%20%20%20By%20default%2C%20Altair%20places%20the%20x-axis%20along%20the%20bottom%20of%20the%20chart.%20To%20change%20these%20defaults%2C%20we%20can%20add%20an%20%60axis%60%20attribute%20with%20%60orient%3D'top'%60%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20antibiotics)%3A%0A%20%20%20%20alt.Chart(antibiotics).mark_circle().encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.X('Neomycin%3AQ'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sort%3D'descending'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20axis%3Dalt.Axis(orient%3D'top')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Neomycin%20MIC%20(%CE%BCg%2Fml%2C%20reverse%20log%20scale)')%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20Similarly%2C%20the%20y-axis%20defaults%20to%20a%20%60'left'%60%20orientation%2C%20but%20can%20be%20set%20to%20%60'right'%60.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Comparing%20Antibiotics%3A%20Adjusting%20Grid%20Lines%2C%20Tick%20Counts%2C%20and%20Sizing%0A%0A%20%20%20%20_How%20does%20neomycin%20compare%20to%20other%20antibiotics%2C%20such%20as%20streptomycin%20and%20penicillin%3F_%0A%0A%20%20%20%20To%20start%20answering%20this%20question%2C%20we%20can%20create%20scatter%20plots%2C%20adding%20a%20y-axis%20encoding%20for%20another%20antibiotic%20that%20mirrors%20the%20design%20of%20our%20x-axis%20for%20neomycin.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20antibiotics)%3A%0A%20%20%20%20alt.Chart(antibiotics).mark_circle().encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.X('Neomycin%3AQ'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sort%3D'descending'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Neomycin%20MIC%20(%CE%BCg%2Fml%2C%20reverse%20log%20scale)')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Y('Streptomycin%3AQ'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sort%3D'descending'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Streptomycin%20MIC%20(%CE%BCg%2Fml%2C%20reverse%20log%20scale)')%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20_We%20can%20see%20that%20neomycin%20and%20streptomycin%20appear%20highly%20correlated%2C%20as%20the%20bacterial%20strains%20respond%20similarly%20to%20both%20antibiotics._%0A%0A%20%20%20%20Let's%20move%20on%20and%20compare%20neomycin%20with%20penicillin%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20antibiotics)%3A%0A%20%20%20%20alt.Chart(antibiotics).mark_circle().encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.X('Neomycin%3AQ'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sort%3D'descending'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Neomycin%20MIC%20(%CE%BCg%2Fml%2C%20reverse%20log%20scale)')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Y('Penicillin%3AQ'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sort%3D'descending'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Penicillin%20MIC%20(%CE%BCg%2Fml%2C%20reverse%20log%20scale)')%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20_Now%20we%20see%20a%20more%20differentiated%20response%3A%20some%20bacteria%20respond%20well%20to%20neomycin%20but%20not%20penicillin%2C%20and%20vice%20versa!_%0A%0A%20%20%20%20While%20this%20plot%20is%20useful%2C%20we%20can%20make%20it%20better.%20The%20x%20and%20y%20axes%20use%20the%20same%20units%2C%20but%20have%20different%20extents%20(the%20chart%20width%20is%20larger%20than%20the%20height)%20and%20different%20domains%20(0.001%20to%20100%20for%20the%20x-axis%2C%20and%200.001%20to%201%2C000%20for%20the%20y-axis).%0A%0A%20%20%20%20Let's%20equalize%20the%20axes%3A%20we%20can%20add%20explicit%20%60width%60%20and%20%60height%60%20settings%20for%20the%20chart%2C%20and%20specify%20matching%20domains%20%20using%20the%20scale%20%60domain%60%20property.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20antibiotics)%3A%0A%20%20%20%20alt.Chart(antibiotics).mark_circle().encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.X('Neomycin%3AQ'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sort%3D'descending'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log'%2C%20domain%3D%5B0.001%2C%201000%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Neomycin%20MIC%20(%CE%BCg%2Fml%2C%20reverse%20log%20scale)')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Y('Penicillin%3AQ'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sort%3D'descending'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log'%2C%20domain%3D%5B0.001%2C%201000%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Penicillin%20MIC%20(%CE%BCg%2Fml%2C%20reverse%20log%20scale)')%0A%20%20%20%20).properties(width%3D250%2C%20height%3D250)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20_The%20resulting%20plot%20is%20more%20balanced%2C%20and%20less%20prone%20to%20subtle%20misinterpretations!_%0A%0A%20%20%20%20However%2C%20the%20grid%20lines%20are%20now%20rather%20dense.%20If%20we%20want%20to%20remove%20grid%20lines%20altogether%2C%20we%20can%20add%20%60grid%3DFalse%60%20to%20the%20%60axis%60%20attribute.%20But%20what%20if%20we%20instead%20want%20to%20reduce%20the%20number%20of%20tick%20marks%2C%20for%20example%20only%20including%20grid%20lines%20for%20each%20order%20of%20magnitude%3F%0A%0A%20%20%20%20To%20change%20the%20number%20of%20ticks%2C%20we%20can%20specify%20a%20target%20%60tickCount%60%20property%20for%20an%20%60Axis%60%20object.%20The%20%60tickCount%60%20is%20treated%20as%20a%20*suggestion*%20to%20Altair%2C%20to%20be%20considered%20alongside%20other%20aspects%20such%20as%20using%20nice%2C%20human-friendly%20intervals.%20We%20may%20not%20get%20*exactly*%20the%20number%20of%20tick%20marks%20we%20request%2C%20but%20we%20should%20get%20something%20close.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20antibiotics)%3A%0A%20%20%20%20alt.Chart(antibiotics).mark_circle().encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.X('Neomycin%3AQ'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sort%3D'descending'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log'%2C%20domain%3D%5B0.001%2C%201000%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20axis%3Dalt.Axis(tickCount%3D5)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Neomycin%20MIC%20(%CE%BCg%2Fml%2C%20reverse%20log%20scale)')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Y('Penicillin%3AQ'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sort%3D'descending'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log'%2C%20domain%3D%5B0.001%2C%201000%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20axis%3Dalt.Axis(tickCount%3D5)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Penicillin%20MIC%20(%CE%BCg%2Fml%2C%20reverse%20log%20scale)')%0A%20%20%20%20).properties(width%3D250%2C%20height%3D250)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20By%20setting%20the%20%60tickCount%60%20to%205%2C%20we%20have%20the%20desired%20effect.%0A%0A%20%20%20%20Our%20scatter%20plot%20points%20feel%20a%20bit%20small.%20Let's%20change%20the%20default%20size%20by%20setting%20the%20%60size%60%20property%20of%20the%20circle%20mark.%20This%20size%20value%20is%20the%20*area*%20of%20the%20mark%20in%20pixels.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20antibiotics)%3A%0A%20%20%20%20alt.Chart(antibiotics).mark_circle(size%3D80).encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.X('Neomycin%3AQ'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sort%3D'descending'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log'%2C%20domain%3D%5B0.001%2C%201000%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20axis%3Dalt.Axis(tickCount%3D5)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Neomycin%20MIC%20(%CE%BCg%2Fml%2C%20reverse%20log%20scale)')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Y('Penicillin%3AQ'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sort%3D'descending'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log'%2C%20domain%3D%5B0.001%2C%201000%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20axis%3Dalt.Axis(tickCount%3D5)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Penicillin%20MIC%20(%CE%BCg%2Fml%2C%20reverse%20log%20scale)')%2C%20%0A%20%20%20%20).properties(width%3D250%2C%20height%3D250)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20Here%20we've%20set%20the%20circle%20mark%20area%20to%2080%20pixels.%20_Further%20adjust%20the%20value%20as%20you%20see%20fit!_%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Configuring%20Color%20Legends%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Color%20by%20Gram%20Staining%0A%0A%20%20%20%20_Above%20we%20saw%20that%20neomycin%20is%20more%20effective%20for%20some%20bacteria%2C%20while%20penicillin%20is%20more%20effective%20for%20others.%20But%20how%20can%20we%20tell%20which%20antibiotic%20to%20use%20if%20we%20don't%20know%20the%20specific%20species%20of%20bacteria%3F%20Gram%20staining%20serves%20as%20a%20diagnostic%20for%20discriminating%20classes%20of%20bacteria!_%0A%0A%20%20%20%20Let's%20encode%20%60Gram_Staining%60%20on%20the%20%60color%60%20channel%20as%20a%20nominal%20data%20type%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20antibiotics)%3A%0A%20%20%20%20alt.Chart(antibiotics).mark_circle(size%3D80).encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.X('Neomycin%3AQ'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sort%3D'descending'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log'%2C%20domain%3D%5B0.001%2C%201000%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20axis%3Dalt.Axis(tickCount%3D5)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Neomycin%20MIC%20(%CE%BCg%2Fml%2C%20reverse%20log%20scale)')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Y('Penicillin%3AQ'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sort%3D'descending'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log'%2C%20domain%3D%5B0.001%2C%201000%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20axis%3Dalt.Axis(tickCount%3D5)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Penicillin%20MIC%20(%CE%BCg%2Fml%2C%20reverse%20log%20scale)')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Color('Gram_Staining%3AN')%0A%20%20%20%20).properties(width%3D250%2C%20height%3D250)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20_We%20can%20see%20that%20Gram-positive%20bacteria%20seem%20most%20susceptible%20to%20penicillin%2C%20whereas%20neomycin%20is%20more%20effective%20for%20Gram-negative%20bacteria!_%0A%0A%20%20%20%20The%20color%20scheme%20above%20was%20automatically%20chosen%20to%20provide%20perceptually-distinguishable%20colors%20for%20nominal%20(equal%20or%20not%20equal)%20comparisons.%20However%2C%20we%20might%20wish%20to%20customize%20the%20colors%20used.%20In%20this%20case%2C%20Gram%20staining%20results%20in%20%5Bdistinctive%20physical%20colorings%3A%20pink%20for%20Gram-negative%2C%20purple%20for%20Gram-positive%5D(https%3A%2F%2Fen.wikipedia.org%2Fwiki%2FGram_stain%23%2Fmedia%2FFile%3AGram_stain_01.jpg).%0A%0A%20%20%20%20Let's%20use%20those%20colors%20by%20specifying%20an%20explicit%20scale%20mapping%20from%20the%20data%20%60domain%60%20to%20the%20color%20%60range%60%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20antibiotics)%3A%0A%20%20%20%20alt.Chart(antibiotics).mark_circle(size%3D80).encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.X('Neomycin%3AQ'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sort%3D'descending'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log'%2C%20domain%3D%5B0.001%2C%201000%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20axis%3Dalt.Axis(tickCount%3D5)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Neomycin%20MIC%20(%CE%BCg%2Fml%2C%20reverse%20log%20scale)')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Y('Penicillin%3AQ'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sort%3D'descending'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log'%2C%20domain%3D%5B0.001%2C%201000%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20axis%3Dalt.Axis(tickCount%3D5)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Penicillin%20MIC%20(%CE%BCg%2Fml%2C%20reverse%20log%20scale)')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Color('Gram_Staining%3AN'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(domain%3D%5B'negative'%2C%20'positive'%5D%2C%20range%3D%5B'hotpink'%2C%20'purple'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20).properties(width%3D250%2C%20height%3D250)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20By%20default%20legends%20are%20placed%20on%20the%20right%20side%20of%20the%20chart.%20Similar%20to%20axes%2C%20we%20can%20change%20the%20legend%20orientation%20using%20the%20%60orient%60%20parameter%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20antibiotics)%3A%0A%20%20%20%20alt.Chart(antibiotics).mark_circle(size%3D80).encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.X('Neomycin%3AQ'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sort%3D'descending'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log'%2C%20domain%3D%5B0.001%2C%201000%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20axis%3Dalt.Axis(tickCount%3D5)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Neomycin%20MIC%20(%CE%BCg%2Fml%2C%20reverse%20log%20scale)')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Y('Penicillin%3AQ'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sort%3D'descending'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log'%2C%20domain%3D%5B0.001%2C%201000%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20axis%3Dalt.Axis(tickCount%3D5)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Penicillin%20MIC%20(%CE%BCg%2Fml%2C%20reverse%20log%20scale)')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Color('Gram_Staining%3AN'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(domain%3D%5B'negative'%2C%20'positive'%5D%2C%20range%3D%5B'hotpink'%2C%20'purple'%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20legend%3Dalt.Legend(orient%3D'left')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20).properties(width%3D250%2C%20height%3D250)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20We%20can%20also%20remove%20a%20legend%20entirely%20by%20specifying%20%60legend%3DNone%60%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20antibiotics)%3A%0A%20%20%20%20alt.Chart(antibiotics).mark_circle(size%3D80).encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.X('Neomycin%3AQ'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sort%3D'descending'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log'%2C%20domain%3D%5B0.001%2C%201000%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20axis%3Dalt.Axis(tickCount%3D5)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Neomycin%20MIC%20(%CE%BCg%2Fml%2C%20reverse%20log%20scale)')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Y('Penicillin%3AQ'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sort%3D'descending'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log'%2C%20domain%3D%5B0.001%2C%201000%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20axis%3Dalt.Axis(tickCount%3D5)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Penicillin%20MIC%20(%CE%BCg%2Fml%2C%20reverse%20log%20scale)')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Color('Gram_Staining%3AN'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(domain%3D%5B'negative'%2C%20'positive'%5D%2C%20range%3D%5B'hotpink'%2C%20'purple'%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20legend%3DNone%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20).properties(width%3D250%2C%20height%3D250)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Color%20by%20Species%0A%0A%20%20%20%20_So%20far%20we've%20considered%20the%20effectiveness%20of%20antibiotics.%20Let's%20turn%20around%20and%20ask%20a%20different%20question%3A%20what%20might%20antibiotic%20response%20teach%20us%20about%20the%20different%20species%20of%20bacteria%3F_%0A%0A%20%20%20%20To%20start%2C%20let's%20encode%20%60Bacteria%60%20(a%20nominal%20data%20field)%20using%20the%20%60color%60%20channel%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20antibiotics)%3A%0A%20%20%20%20alt.Chart(antibiotics).mark_circle(size%3D80).encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.X('Neomycin%3AQ'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sort%3D'descending'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log'%2C%20domain%3D%5B0.001%2C%201000%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20axis%3Dalt.Axis(tickCount%3D5)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Neomycin%20MIC%20(%CE%BCg%2Fml%2C%20reverse%20log%20scale)')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Y('Penicillin%3AQ'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sort%3D'descending'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log'%2C%20domain%3D%5B0.001%2C%201000%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20axis%3Dalt.Axis(tickCount%3D5)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Penicillin%20MIC%20(%CE%BCg%2Fml%2C%20reverse%20log%20scale)')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Color('Bacteria%3AN')%0A%20%20%20%20).properties(width%3D250%2C%20height%3D250)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20_The%20result%20is%20a%20bit%20of%20a%20mess!_%20There%20are%20enough%20unique%20bacteria%20that%20Altair%20starts%20repeating%20colors%20from%20its%20default%2010-color%20palette%20for%20nominal%20values.%0A%0A%20%20%20%20To%20use%20custom%20colors%2C%20we%20can%20update%20the%20color%20encoding%20%60scale%60%20property.%20One%20option%20is%20to%20provide%20explicit%20scale%20%60domain%60%20and%20%60range%60%20values%20to%20indicate%20the%20precise%20color%20mappings%20per%20value%2C%20as%20we%20did%20above%20for%20Gram%20staining.%20Another%20option%20is%20to%20use%20an%20alternative%20color%20scheme.%20Altair%20includes%20a%20variety%20of%20built-in%20color%20schemes.%20For%20a%20complete%20list%2C%20see%20the%20%5BVega%20color%20scheme%20documentation%5D(https%3A%2F%2Fvega.github.io%2Fvega%2Fdocs%2Fschemes%2F%23reference).%0A%0A%20%20%20%20Let's%20try%20switching%20to%20a%20built-in%2020-color%20scheme%2C%20%60tableau20%60%2C%20and%20set%20that%20using%20the%20scale%20%60scheme%60%20property.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20antibiotics)%3A%0A%20%20%20%20alt.Chart(antibiotics).mark_circle(size%3D80).encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.X('Neomycin%3AQ'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sort%3D'descending'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log'%2C%20domain%3D%5B0.001%2C%201000%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20axis%3Dalt.Axis(tickCount%3D5)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Neomycin%20MIC%20(%CE%BCg%2Fml%2C%20reverse%20log%20scale)')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Y('Penicillin%3AQ'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sort%3D'descending'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log'%2C%20domain%3D%5B0.001%2C%201000%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20axis%3Dalt.Axis(tickCount%3D5)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Penicillin%20MIC%20(%CE%BCg%2Fml%2C%20reverse%20log%20scale)')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Color('Bacteria%3AN'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(scheme%3D'tableau20'))%0A%20%20%20%20).properties(width%3D250%2C%20height%3D250)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20_We%20now%20have%20a%20unique%20color%20for%20each%20bacteria%2C%20but%20the%20chart%20is%20still%20a%20mess.%20Among%20other%20issues%2C%20the%20encoding%20takes%20no%20account%20of%20bacteria%20that%20belong%20to%20the%20same%20genus.%20In%20the%20chart%20above%2C%20the%20two%20different%20Salmonella%20strains%20have%20very%20different%20hues%20(teal%20and%20pink)%2C%20despite%20being%20biological%20cousins._%0A%0A%20%20%20%20To%20try%20a%20different%20scheme%2C%20we%20can%20also%20change%20the%20data%20type%20from%20nominal%20to%20ordinal.%20The%20default%20ordinal%20scheme%20uses%20blue%20shades%2C%20ramping%20from%20light%20to%20dark%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20antibiotics)%3A%0A%20%20%20%20alt.Chart(antibiotics).mark_circle(size%3D80).encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.X('Neomycin%3AQ'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sort%3D'descending'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log'%2C%20domain%3D%5B0.001%2C%201000%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20axis%3Dalt.Axis(tickCount%3D5)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Neomycin%20MIC%20(%CE%BCg%2Fml%2C%20reverse%20log%20scale)')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Y('Penicillin%3AQ'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sort%3D'descending'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log'%2C%20domain%3D%5B0.001%2C%201000%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20axis%3Dalt.Axis(tickCount%3D5)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Penicillin%20MIC%20(%CE%BCg%2Fml%2C%20reverse%20log%20scale)')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Color('Bacteria%3AO')%0A%20%20%20%20).properties(width%3D250%2C%20height%3D250)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20_Some%20of%20those%20blue%20shades%20may%20be%20hard%20to%20distinguish._%0A%0A%20%20%20%20For%20more%20differentiated%20colors%2C%20we%20can%20experiment%20with%20alternatives%20to%20the%20default%20%60blues%60%20color%20scheme.%20The%20%60viridis%60%20scheme%20ramps%20through%20both%20hue%20and%20luminance%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20antibiotics)%3A%0A%20%20%20%20alt.Chart(antibiotics).mark_circle(size%3D80).encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.X('Neomycin%3AQ'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sort%3D'descending'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log'%2C%20domain%3D%5B0.001%2C%201000%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20axis%3Dalt.Axis(tickCount%3D5)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Neomycin%20MIC%20(%CE%BCg%2Fml%2C%20reverse%20log%20scale)')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Y('Penicillin%3AQ'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sort%3D'descending'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log'%2C%20domain%3D%5B0.001%2C%201000%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20axis%3Dalt.Axis(tickCount%3D5)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Penicillin%20MIC%20(%CE%BCg%2Fml%2C%20reverse%20log%20scale)')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Color('Bacteria%3AO'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(scheme%3D'viridis'))%0A%20%20%20%20).properties(width%3D250%2C%20height%3D250)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20_Bacteria%20from%20the%20same%20genus%20now%20have%20more%20similar%20colors%20than%20before%2C%20but%20the%20chart%20still%20remains%20confusing.%20There%20are%20many%20colors%2C%20they%20are%20hard%20to%20look%20up%20in%20the%20legend%20accurately%2C%20and%20two%20bacteria%20may%20have%20similar%20colors%20but%20different%20genus._%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Color%20by%20Genus%0A%0A%20%20%20%20Let's%20try%20to%20color%20by%20genus%20instead%20of%20bacteria.%20To%20do%20so%2C%20we%20will%20add%20a%20%60calculate%60%20transform%20that%20splits%20up%20the%20bacteria%20name%20on%20space%20characters%20and%20takes%20the%20first%20word%20in%20the%20resulting%20array.%20We%20can%20then%20encode%20the%20resulting%20%60Genus%60%20field%20using%20the%20%60tableau20%60%20color%20scheme.%0A%0A%20%20%20%20(Note%20that%20the%20antibiotics%20dataset%20includes%20a%20pre-calculated%20%60Genus%60%20field%2C%20but%20we%20will%20ignore%20it%20here%20in%20order%20to%20further%20explore%20Altair's%20data%20transformations.)%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20antibiotics)%3A%0A%20%20%20%20alt.Chart(antibiotics).mark_circle(size%3D80).transform_calculate(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Genus%3D'split(datum.Bacteria%2C%20%22%20%22)%5B0%5D'%0A%20%20%20%20).encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.X('Neomycin%3AQ'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sort%3D'descending'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log'%2C%20domain%3D%5B0.001%2C%201000%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20axis%3Dalt.Axis(tickCount%3D5)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Neomycin%20MIC%20(%CE%BCg%2Fml%2C%20reverse%20log%20scale)')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Y('Penicillin%3AQ'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sort%3D'descending'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log'%2C%20domain%3D%5B0.001%2C%201000%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20axis%3Dalt.Axis(tickCount%3D5)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Penicillin%20MIC%20(%CE%BCg%2Fml%2C%20reverse%20log%20scale)')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Color('Genus%3AN'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(scheme%3D'tableau20'))%0A%20%20%20%20).properties(width%3D250%2C%20height%3D250)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20_Hmm...%20While%20the%20data%20are%20better%20segregated%20by%20genus%2C%20this%20cacapohony%20of%20colors%20doesn't%20seem%20particularly%20useful._%0A%0A%20%20%20%20_If%20we%20look%20at%20some%20of%20the%20previous%20charts%20carefully%2C%20we%20can%20see%20that%20only%20a%20handful%20of%20bacteria%20have%20a%20genus%20shared%20with%20another%20bacteria%3A%20Salmonella%2C%20Staphylococcus%2C%20and%20Streptococcus.%20To%20focus%20our%20comparison%2C%20we%20might%20add%20colors%20only%20for%20these%20repeated%20genus%20values._%0A%0A%20%20%20%20Let's%20add%20another%20%60calculate%60%20transform%20that%20takes%20a%20genus%20name%2C%20keeps%20it%20if%20it%20is%20one%20of%20the%20repeated%20values%2C%20and%20otherwise%20uses%20the%20string%20%60%22Other%22%60.%0A%0A%20%20%20%20In%20addition%2C%20we%20can%20add%20custom%20color%20encodings%20using%20explicit%20%60domain%60%20and%20%60range%60%20arrays%20for%20the%20color%20encoding%20%60scale%60.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20antibiotics)%3A%0A%20%20%20%20alt.Chart(antibiotics).mark_circle(size%3D80).transform_calculate(%0A%20%20%20%20%20%20Split%3D'split(datum.Bacteria%2C%20%22%20%22)%5B0%5D'%0A%20%20%20%20).transform_calculate(%0A%20%20%20%20%20%20Genus%3D'indexof(%5B%22Salmonella%22%2C%20%22Staphylococcus%22%2C%20%22Streptococcus%22%5D%2C%20datum.Split)%20%3E%3D%200%20%3F%20datum.Split%20%3A%20%22Other%22'%0A%20%20%20%20).encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.X('Neomycin%3AQ'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sort%3D'descending'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log'%2C%20domain%3D%5B0.001%2C%201000%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20axis%3Dalt.Axis(tickCount%3D5)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Neomycin%20MIC%20(%CE%BCg%2Fml%2C%20reverse%20log%20scale)')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Y('Penicillin%3AQ'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sort%3D'descending'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log'%2C%20domain%3D%5B0.001%2C%201000%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20axis%3Dalt.Axis(tickCount%3D5)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Penicillin%20MIC%20(%CE%BCg%2Fml%2C%20reverse%20log%20scale)')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Color('Genus%3AN'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20domain%3D%5B'Salmonella'%2C%20'Staphylococcus'%2C%20'Streptococcus'%2C%20'Other'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20range%3D%5B'rgb(76%2C120%2C168)'%2C%20'rgb(84%2C162%2C75)'%2C%20'rgb(228%2C87%2C86)'%2C%20'rgb(121%2C112%2C110)'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20))%0A%20%20%20%20).properties(width%3D250%2C%20height%3D250)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20_We%20now%20have%20a%20much%20more%20revealing%20plot%2C%20made%20possible%20by%20customizations%20to%20the%20axes%20and%20legend.%20Take%20a%20moment%20to%20examine%20the%20plot%20above.%20Notice%20any%20surprising%20groupings%3F_%0A%0A%20%20%20%20_The%20upper-left%20region%20has%20a%20cluster%20of%20red%20Streptococcus%20bacteria%2C%20but%20with%20a%20grey%20Other%20bacteria%20alongside%20them.%20Meanwhile%2C%20towards%20the%20middle-right%20we%20see%20another%20red%20Streptococcus%20placed%20far%20away%20from%20its%20%22cousins%22.%20Might%20we%20expect%20bacteria%20from%20the%20same%20genus%20(and%20thus%20presumably%20more%20genetically%20similar)%20to%20be%20grouped%20closer%20together%3F_%0A%0A%20%20%20%20As%20it%20so%20happens%2C%20the%20underlying%20dataset%20actually%20contains%20errors.%20The%20dataset%20reflects%20the%20species%20designations%20used%20in%20the%20early%201950s.%20However%2C%20the%20scientific%20consensus%20has%20since%20been%20overturned.%20That%20gray%20point%20in%20the%20upper-left%3F%20It's%20now%20considered%20a%20Streptococcus!%20That%20red%20point%20towards%20the%20middle-right%3F%20It's%20no%20longer%20considered%20a%20Streptococcus!%0A%0A%20%20%20%20Of%20course%2C%20on%20its%20own%2C%20this%20dataset%20doesn't%20fully%20justify%20these%20reclassifications.%20Nevertheless%2C%20the%20data%20contain%20valuable%20biological%20clues%20that%20went%20overlooked%20for%20decades!%20Visualization%2C%20when%20used%20by%20an%20appropriately%20skilled%20and%20inquisitive%20viewer%2C%20can%20be%20a%20powerful%20tool%20for%20discovery.%0A%0A%20%20%20%20This%20example%20also%20reinforces%20an%20important%20lesson%3A%20**_always%20be%20skeptical%20of%20your%20data!_**%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Color%20by%20Antibiotic%20Response%0A%0A%20%20%20%20We%20might%20also%20use%20the%20%60color%60%20channel%20to%20encode%20quantitative%20values.%20Though%20keep%20in%20mind%20that%20typically%20color%20is%20not%20as%20effective%20for%20conveying%20quantities%20as%20position%20or%20size%20encodings!%0A%0A%20%20%20%20Here%20is%20a%20basic%20heatmap%20of%20penicillin%20MIC%20values%20for%20each%20bacteria.%20We'll%20use%20a%20%60rect%60%20mark%20and%20sort%20the%20bacteria%20by%20descending%20MIC%20values%20(from%20most%20to%20least%20resistant)%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20antibiotics)%3A%0A%20%20%20%20alt.Chart(antibiotics).mark_rect().encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Y('Bacteria%3AN'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sort%3Dalt.EncodingSortField(field%3D'Penicillin'%2C%20op%3D'max'%2C%20order%3D'descending')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Color('Penicillin%3AQ')%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20We%20can%20further%20improve%20this%20chart%20by%20combining%20features%20we've%20seen%20thus%20far%3A%20a%20log-transformed%20scale%2C%20a%20change%20of%20axis%20orientation%2C%20a%20custom%20color%20scheme%20(%60plasma%60)%2C%20tick%20count%20adjustment%2C%20and%20custom%20title%20text.%20We'll%20also%20exercise%20configuration%20options%20to%20adjust%20the%20axis%20title%20placement%20and%20legend%20title%20alignment.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20antibiotics)%3A%0A%20%20%20%20alt.Chart(antibiotics).mark_rect().encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Y('Bacteria%3AN'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sort%3Dalt.EncodingSortField(field%3D'Penicillin'%2C%20op%3D'max'%2C%20order%3D'descending')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20axis%3Dalt.Axis(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20orient%3D'right'%2C%20%20%20%20%20%23%20orient%20axis%20on%20right%20side%20of%20chart%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20titleX%3D7%2C%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20set%20x-position%20to%207%20pixels%20right%20of%20chart%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20titleY%3D-2%2C%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20set%20y-position%20to%202%20pixels%20above%20chart%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20titleAlign%3D'left'%2C%20%20%23%20use%20left-aligned%20text%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20titleAngle%3D0%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20undo%20default%20title%20rotation%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Color('Penicillin%3AQ'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log'%2C%20scheme%3D'plasma'%2C%20nice%3DTrue)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20legend%3Dalt.Legend(titleOrient%3D'right'%2C%20tickCount%3D5)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Penicillin%20MIC%20(%CE%BCg%2Fml)'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20Alternatively%2C%20we%20can%20remove%20the%20axis%20title%20altogether%2C%20and%20use%20the%20top-level%20%60title%60%20property%20to%20add%20a%20title%20for%20the%20entire%20chart%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20antibiotics)%3A%0A%20%20%20%20alt.Chart(antibiotics%2C%20title%3D'Penicillin%20Resistance%20of%20Bacterial%20Strains').mark_rect().encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Y('Bacteria%3AN'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sort%3Dalt.EncodingSortField(field%3D'Penicillin'%2C%20op%3D'max'%2C%20order%3D'descending')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20axis%3Dalt.Axis(orient%3D'right'%2C%20title%3DNone)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Color('Penicillin%3AQ'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log'%2C%20scheme%3D'plasma'%2C%20nice%3DTrue)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20legend%3Dalt.Legend(titleOrient%3D'right'%2C%20tickCount%3D5)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Penicillin%20MIC%20(%CE%BCg%2Fml)'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20).configure_title(%0A%20%20%20%20%20%20anchor%3D'start'%2C%20%23%20anchor%20and%20left-align%20title%0A%20%20%20%20%20%20offset%3D5%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20set%20title%20offset%20from%20chart%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Summary%0A%0A%20%20%20%20Integrating%20what%20we've%20learned%20across%20the%20notebooks%20so%20far%20about%20encodings%2C%20data%20transforms%2C%20and%20customization%2C%20you%20should%20now%20be%20prepared%20to%20make%20a%20wide%20variety%20of%20statistical%20graphics.%20Now%20you%20can%20put%20Altair%20into%20everyday%20use%20for%20exploring%20and%20communicating%20data!%0A%0A%20%20%20%20Interested%20in%20learning%20more%20about%20this%20topic%3F%0A%0A%20%20%20%20-%20Start%20with%20the%20%5BAltair%20Customizing%20Visualizations%20documentation%5D(https%3A%2F%2Faltair-viz.github.io%2Fuser_guide%2Fcustomization.html).%0A%20%20%20%20-%20For%20a%20complementary%20discussion%20of%20scale%20mappings%2C%20see%20%5B%22Introducing%20d3-scale%22%5D(https%3A%2F%2Fmedium.com%2F%40mbostock%2Fintroducing-d3-scale-61980c51545f).%0A%20%20%20%20-%20For%20a%20more%20in-depth%20exploration%20of%20all%20the%20ways%20axes%20and%20legends%20can%20be%20styled%20by%20the%20underlying%20Vega%20library%20(which%20powers%20Altair%20and%20Vega-Lite)%2C%20see%20%5B%22A%20Guide%20to%20Guides%3A%20Axes%20%26%20Legends%20in%20Vega%22%5D(https%3A%2F%2Fbeta.observablehq.com%2F%40jheer%2Fa-guide-to-guides-axes-legends-in-vega).%0A%20%20%20%20-%20For%20a%20fascinating%20history%20of%20the%20antibiotics%20dataset%2C%20see%20%5BWainer%20%26amp%3B%20Lysen's%20%22That's%20Funny...%22%5D(https%3A%2F%2Fwww.americanscientist.org%2Farticle%2Fthats-funny)%20in%20the%20_American%20Scientist_.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0Aif%20__name__%20%3D%3D%20%22__main__%22%3A%0A%20%20%20%20app.run()%0A